El Laboratorio San Martín mantiene un compromiso con el ambiente al contar con un plan ambiental y de gestión de residuos, así como políticas de reducción de consumo de agua, electricidad, papel, y de implementar métodos de análisis afines con el ambiente.
La sede de San José cuenta con un sistema fotovoltaico para la generación eléctrica requerida para sus operaciones, siendo el primer Laboratorio privado del país en contar con un sistema de generación fotovoltaica.
Los desechos de análisis y de Laboratorio, así como los desechos bioinfecciosos son tratados por empresas especializadas para la gestión de estos residuos lo que garantiza la gestión responsable y acorde a la legislación nacional.